Gracias a todos por los comentarios.
Luis, como ya te comente, tienes razon con lo del eje delantero, pero ahora ya tengo una referencia exacta, ya que que el mamparo delantero ya esta fijado a la carroceria y asi el chasis queda en su posicion correcta, para centrar los ejes.
Jose, tienes razon en lo de la altura, pero ya esta solucionado, y por si las moscas me guardo un "as" en la manga, por si el eje trasero se "desmadra" un poco.
En esta foto ya podeis ver la altura final y los ejes centrados al paso de rueda:

El mamparo que separa el motor del habitaculo ya esta en su posicion y alisado lo maximo posible, para seguir una linea similar a la de la carroceria:

Para dar continuidad al tema de la "limpieza", modificamos los panes interiores del motor, prolongandolos con ever de 0.5:

Rellenamos la faltas con epoxi, y una vez imprimados quedan tal que asi:

quedando el hueco motor de esta manera, aunque es provisional:

Y con respecto a la carroceria, al final me decidi a modificar el capot, que en origen es asi:

Lo primero que hago es cortar la parte trasera que sobresale , y despues le hago unos orifcios quedando asi:

Como lo veo un poco simple, lo modifico de nuevo, y uno todos los orificios:

El resultado no me gusto mucho, asi que fabrique unas piezas que van superpuestas:

y aqui imprimado todo el conjunto:

De todas maneras me parece a mi que esto aun no queda asi..
Y por variar un poco, me decidi a fabricar como diria el gran Omar, unos "multiples" de escape nuevos, ya que los que trae la maqueta son penosos:

Para hacerlos uso estaño de 2mm, y comienzo taladrando la culata y colocando en ella los cuatro "tubos" que formaran el colector:

Despues de mucho rato doblando y probando el en hueco motor que no tropezaran en nada , el resultado final es este:

Para el remate donde se unen los cuatro tubos, use un trozo de varilla de aluminio, donde despues conectara el resto del escape, que de momento esta en fase de prototipo:

Ahora solo falta hacer el otro colector y la otra linea de escape
Y de momento nada mas, seguiremos informando